Fernand Joly a d'abord été professeur et chercheur au Maroc, où il a fondé le laboratoire de géographie physique de l'Institut scientifique chérifien de Rabat, et où il s'est surtout consacré à l'étude des zones arides (Sahara marocain). Maître de recherches au CNRS, professeur à la Sorbonne, puis à l'Université Paris VII, il a enseigné la géomorphologie et la cartographie, et dirigé le CERCG (Centre d'études et de réalisations cartographiques géographiques), laboratoire propre du CNRS, grâce auquel il a pu animer des recherches scientifiques et techniques sur la cartographie géomorphologique.